Prácticas presentadas en Febrero 2009/2010 (Universidad de Murcia)

Estas prácticas espero que sirvan de guía para todas aquellas personas  que estén perdidas en esta asignatura

Primera parte

 

                         1c8r: Bacteriorhodopsina

Es una proteína de membrana de color intensamente púrpura que encontramos en arqueobacterias del género Halobacterium halobium o Halobacterium salinarium. Son microorganismos que habitan en las salinas, en medios acuosos con alto contenido en sal.

Está formada por 7 hélices a transmembrana

En esta imagen de la proteína 1c8r se observa la proteína en color rosado, y observamos los ligandos en color verde.

Entre los ligandos podemos observar un ligando central que es el RETINAL, que está situado en un bolsillo hidrofóbico

 

                             1cgp: Proteína CAP

Ésta proteína ayuda a la RNA polimerasa a unirse de manera más efectiva a determinadas regiones del ADN, aumentando la frecuencia con que se inicia la síntesis de RNA.

La proteína CAP es un homodímero, 2 subunidades de aprox. 22.000Da cada una

En el extremo N-terminal que es más grande es donde se encuentra el sitio de unión a AMPc

 

 

                     1yrn: Proteínas con homeodominio

 

Se trata de la unión de Mata2 con Mat a1 que se unen en tándem al DNA

 

                               

                            1oct: Regiones POU

Se produce la unión en tándem, en las caras opuestas de la doble hélice del ADN.

Las Hélices de reconocimiento  se encuentran en el Surco Mayor del ADN.

No existe conexión directa entre las dos subunidades, lo único que conecta las 2 subunidades es el linker.

No se producen muchas distorsiones en el DNA. La unión al DNA es mediante la combinación de regiones específicas y algún enlace no específico al esqueleto del ADN.

 

                       1ysa:Cremallera de Leucina

Éste sería el DÍMERO y la forma de unirse al DNA sería como si fuesen unas pinzas que se unen al Surco Mayor en los polos opuestos del DNA. Tanto por interacciones específicas de secuencia, como no específicas

 

 

Los residuos marcados en amarillo son Arginina (Arg) y como podemos observar se encuentran en alta proporción en la región básica que le dan a la molécula carga +, y que le facilitan la interacción con el DNA (carga-)

Los residuos marcados de amarillo son residuos de leucina, que se encuentran en alto porcentaje distribuidas por toda la molécula, por eso se llaman Cremalleras de Leucina.

 

 

                               1znf: Dedos de Zinc

El dedo de Zinc está formado por la 2ª hebra beta, el giro pequeño de 2 residuos y la primera parte de la hélice. Ésta es la región que contacta con el DNA; y las interacciones con el DNA en esa zona serían tanto específicas de secuencia como no específicas.

Los dedos de Zn son factores de trancripción que contienen Zn en su estructura, y se caracterizan por presentar un patrón regular de residuos de Cys  y/o  de His a lo largo de la cadena.

El Zn se unirá a estos residuos permitiendo que la proteína se pliegue formando pequeños dominios de unión al DNA

 

 

                        5PAL: Mano EF, Parvalbúmina  

El centro de unión al Calcio está situado en el bucle o loop que une las 2 hélices alfa (E y F)

 

Los aminoácidos en color verde tienen un carácter hidrofóbico , y así se forma un núcleo hidrofóbico entre las hélices alfa.

 

 

 

                       1tcf: Mano EF. Troponina C 

Ésta proteína forma parte de los filamentos delgados del músculo estriado, y también es capaz de unir calcio.

Tiene 2 dominios globulares homólogos:

-          1 dominio N-terminal

-          1 dominio C-terminal

-          En cada uno de los dominios globulares, encontramos 2 centros de unión al calcio (2 manos EF)

-          Ambos dominios están unidos por una hélice alfa larga (de 8 vueltas).

 

 

                         3cln: Mano EF en la calmodulina

 

 

 

Aquí se puede ver una de las manos EF de la calmodulina

Es frecuente encontrar las manos EF en parejas que estabilizan al bucle de la otra mediante 2 hebras beta antiparalelas.

Por ello una mano EF estabiliza a la otra, ya que se establecen interacciones entre estas 2 hebras beta

 

 

 

...Continuará

 

Comparte este Goo:

¿Tiene contenido inapropiado?

Comparte este goo con un amigo: