Los microsatélites son tramos de secuencias simples de ADN con un alto grado de hipervariabilidad siendo abundantes y estando bien distribuidos en el genoma de eucariotas. Estas secuencias simples consisten en segmentos cortos de ADN con motivos repetidos, de 1 a 6 pares de bases, normalmente dinucleótidos, como ejemplo, la repetición simple de CA/TG que ocurre miles de veces en el genoma. El polimorfismo de los microsatélites viene dado por el número de repeticiones en un determinado locus, revelados como variación en la longitud de los fragmentos de los productos de PCR. Aunque los microsatélites se han usado ampliamente en genética molecular, todavía no se ha identificado su función en el genoma, la hipótesis más aceptable es que intervienen en el empaquetado y la condensación del ADN dentro de los cromosomas de eucariotas.

Los microsatélites están precedidos por unas secuencias flanqueantes o “primers” que deben ser determinadas, para su amplificación mediante PCR, pero, una vez hecho esto, debido a su alto nivel de polimorfismo, se pueden empelar en diferentes tipos de individuos; ya que se ha demostrado que se  conservan entre diferentes poblaciones o razas de una misma especie, o incluso entre especies emparentadas como las gallinas y los pavos.

Tienen la ventaja de ser multialélicos, altamente polimórficos, con herencia mendeliana co-dominante, interpretación sencilla de los resultados, reproducibilidad muy alta, resultados transferibles entre laboratorios y posible automatización, además de obtenerse por PCR, por lo que se necesitan pequeñas cantidades de ADN. Por ello son herramientas apropiadas para el mapeo de ligamiento, identificación de QTL (quantitative trait loci), estimación de relaciones genéticas (distancias genéticas) entre diferentes poblaciones y tests de paternida; por lo tanto, se ha convertido en una técnica estándar para la evaluación molecular genética de cualquier población animal y humana.

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